就這樣康熙諸子中唯一腿腳殘疾的皇子胤祐就第一次率軍出征了，康熙第三次御駕親征噶爾丹非常隆重，他為了磨練當時年長的兒子，老大胤禔、老三胤祉、老五胤祺、老七胤祐、老八胤禩全部都跟隨他出征。

當時康熙這七個比較年長的兒子中，除了老二太子胤礽留守京城監國，身體不太好偏于文弱的老四雍正被留在后方策應，還有胤禩由于年紀太小只被康熙帶在身邊之外，胤禔、胤祉、胤祺、胤祐四人都是真刀真槍上戰場與準噶爾騎兵血拼去了。

在戰場上胤祐雖然年幼，卻十分驍勇，而且由于他平易近人能體恤士卒，使得胤祐麾下的士兵都甘愿為他效死命，因此胤祐在戰斗中立下不少功勞。

隨著胤祐在戰場上的表現，康熙發現胤祐不僅人品不錯，還有統軍才能，這又立下了不少軍功，因此康熙對胤祐越發喜愛和滿意，也逐漸打消了把他過繼給隆禧的想法，畢竟胤祐憑借在戰場上立下的軍功就足以封王立足。

隨著噶爾丹被康熙打的窮途末路而敗亡，準噶爾部也被平定下來，康熙十分高興，因此在康熙三十七年（1698年）第一次大封諸子爵位時，年紀較長的胤禔和胤祉被封為郡王，年紀小一些的雍正、胤祺、胤祐、胤禩四人被冊封為貝勒。

此后康熙覺得胤祐頗有統軍才能，于是就一直讓他負責管理軍務，隨著胤祐的軍事才能凸顯出來，康熙也對胤祐大為改觀，不僅打消了把胤祐過繼給隆禧的想法，還對胤祐的生母戴佳氏也頗為寵愛。

胤祐雖然一直掌管軍務，但是由于他腿腳有殘疾，也有自知之明，他知道老爹康熙一生有這麼多兒子，前面的哥哥就算是刨除被圈禁的胤禔和被廢掉的太子胤礽，就拿胤祉和雍正以及胤祺三人來說自己也比不上，胤祉文武雙全還有軍功，雍正謙恭謹慎還很有城府，胤祺是既有軍功還人品忠厚，再加上還有一位深得人心很有才能的八弟胤禩，胤祐自問和這些兄弟比自己既有殘疾又沒有能比他們更出眾的才能，因此胤祐很有自知之明沒有參與爭位，對儲位保持了平和心態。

再加上胤祐為人低調寬和，沒有太大的野心，因此他在康熙時期一直盡量不過多地參與政務，只管好自己負責軍務就完事，所以在其他皇子忙著爭位時期，胤祐一直是一個雖有軍權卻兩耳不聞窗外事的悠閑旁觀者。

由于胤祐治軍頗有成效，加上他還沒太大的野心，因此到了康熙四十八年（1709年）時，康熙第二次大封諸子爵位，胤祐被康熙晉封為淳郡王，同時連他的母親戴佳氏也終于獲得封號被封為成嬪，戴佳氏也是當時康熙后宮中年紀最大資格最老的嬪了。

其實從胤祐的郡王封號中還是可以看出，康熙雖然打消了把他過繼給隆禧的想法，但是還是有著這個情結，所以才給胤祐冊封了一個與隆禧的純親王爵位同音不同字的淳郡王封號。

到了康熙五十七年（1718年），準噶爾部在噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦的帶領下再度侵擾清朝，康熙本想再度御駕親征準噶爾部，但當時康熙年事已高身體不好，因此只能讓雍正的同母弟老十四胤禵為撫遠大將軍率大軍前往西北平叛。

為了平定準噶爾部，康熙這一次調集了十萬大軍平叛，還從京城派出去很多戰將，所以將軍們都上了前線，京城的軍務還得需要有人負責管理，因此這一年善于治軍的胤祐被康熙委以重任，康熙命胤祐接管正藍旗滿、蒙、漢三旗軍務。

在康熙晚年吏治腐敗問題很嚴重，官場貪腐成風，八旗軍隊中尤其更甚，胤祐在接管正藍旗三旗軍務之后，他很快就發現了正藍旗中軍官中的貪腐問題，因此胤祐就在正藍旗中掀起了雷厲風行的反貪風暴，他嚴格整治軍務，在軍隊中提倡廉潔治軍，在胤祐的管理下，正藍旗很快一改之前的不良風氣有了很大改變，胤祐也是古代較早提倡廉潔治軍的軍隊管理者。

把正藍旗三旗軍務管理得井井有條，不良風氣大為改變，這些都說明了胤祐很有軍事管理才能，只是他為人低調，沒有過多地參與政務，否則他在政壇上也會是一把好手。

胤祐治理正藍旗軍務卓有成效，也讓康熙看在眼里十分滿意，因此胤祐的老媽戴佳氏又晉升了一級，在這一年被康熙晉升為成妃，戴佳氏是典型的母憑子貴，兒子胤祐沒有受到康熙重視時，連帶她的身份地位都得不到提升。