費祎常常夾在魏、楊二人端坐，在他倆吵架的時候，立馬曉以利害，各種勸喻諫阻，因此在諸葛亮生前，魏延和楊儀各自都能為蜀漢盡心服務，除了諸葛亮的威信之外，就是費祎從中的匡救勸解之功。

而等到諸葛亮病逝，費祎做了后軍師，不久又代替大將軍蔣琬擔任尚書令一職。蔣琬主政期間，一直想改變諸葛亮北出祁山的戰略路線，而是以東面的涪縣為大本營，利用長江上游的水路優勢，解決以往常年要翻山越嶺運糧至漢中的困境，直接以精銳水師順流東下，奪回當年因「劉封、孟達」事件丟失的上庸，而后再沿漢水北上突襲曹魏的心臟洛陽，一舉完成北伐中原的大業，且向東用兵，還能更好地與鄰近的盟友吳國聯合作戰。在蔣琬的精心籌劃之下，他不久從漢中移營至涪城，而費祎也被晉升為大將軍，錄尚書事。

很不幸的是，蔣琬沒有多久也因積勞成疾而亡，順流東征計劃也就此擱置，費祎于是接替了他的職務，主掌蜀漢的全部政事。后主延熙七年，當時蔣琬尚在，只是身體抱恙，魏軍突然來到興勢（如今陜西漢中洋縣），對蜀漢展開進攻，劉禪嚇得趕緊讓大將軍費祎手持皇帝符節，統領蜀漢諸軍前往抵御。

由于費祎、姜維等名臣猛將調度得當，魏軍不能得逞，戰事一時僵持未果。

費祎決定親臨戰陣，擊退魏軍。而這時的光祿大夫來敏到大將軍府來找費祎，為他送別，臨行前居然請求下一盤圍棋，當時邊關前線的戰報一份接一份遞進府中，準備出征的人馬也在外嚴陣以待，費祎居然能氣定神閑地與來敏對弈，還一邊接過戰報觀閱，一邊留意棋路，毫無一絲厭倦和驚慌，來敏見了嘆道：「我本來想試探一下將軍值此危難之際的反應，如今看來，魏賊必能擊退也！」

后來費祎一到前線，魏軍就退走了。后主高興得立馬封他為成鄉侯，與當年諸葛亮的武鄉侯是一個級別。蔣琬當時身為大司馬，代行丞相的職權，為百官之首，沿襲之前的慣例，又兼任了益州牧一職，此前只有劉備做漢中王、諸葛亮做丞相時兼任此職，如今蔣琬認為自己身體吃不消了，又有費祎這樣一個信得過的好幫手，于是堅決辭去益州刺史的官位，讓與費祎擔任，這也是在做交接班的準備了。

而費祎在蜀漢的功名與威望，跟蔣琬也已不相上下，當時二人的賢名都被人們一時傳為美談。建興十一年，也就是蔣琬去世兩年后，費祎掌權，再次恢復諸葛亮當年的北伐方略，由他親自坐鎮漢中，準備出兵。

而費祎也像諸葛亮、蔣琬一樣，常年領兵在外，而朝野上下的「慶賞刑威」之事，他也效仿前兩任「宰輔」先與同僚們做出詳細的咨詢商議，然后遣使遙問后主意見，最后做出決斷，再頒令執行，這種良好的工作模式，一直從諸葛亮延續到了他費祎手中，從而保證了蜀漢沒有像曹魏、東吳那樣出現權臣欺君，君疑能臣的動蕩局面。

延熙十四年夏天，費祎從漢中回到成都向后主述職，成都有善于「望氣」的術士傳言說「都邑無宰相之位」，也就是時下成都不利于「宰輔」待在成都，雖然當時蜀漢為了紀念諸葛丞相，在百官當中已不設丞相之位。可費祎聽到之后，作為「無冕之相」，在冬天的時候，還是移居至成都東北面的漢壽郡，也就是如今的四川廣元。

第二年，后主為了嘉獎費祎多年的輔政之功，特命他可以像諸葛亮一樣「開府置官」