于是，清朝有了并行不悖的兩種軍事組織：八旗和綠營。

2、滿清如何統御明朝「降兵」？

由八旗監控綠營，是清朝軍制的一個特點，早已不是秘密。

首先，將降將編旗。

順治二年十月，將降清的原明公、侯、伯、總兵、副將、參將、游擊等374名官員「撥入八旗」。

編旗有兩種方式：

其一是將各地降將集中編入八旗某佐領，如正黃旗漢軍頭參領第二佐領內安插淮安、江寧、福建、瓜州及左夢庚部降將18名；

其二是將某部明軍分散編入八旗不同佐領，如隨左夢庚進京降將被分散于八旗18個佐領中。

大規模將降將編入八旗，清初共有兩次。

第一次于順治年間陸續進行，第二次是康熙十八年至二十四年間對原「漢三王」耿、尚、孔及續順公沈志祥所屬人員編旗，后者改編了游離綠營以外的獨立藩軍系統，至此，清朝基本完成軍制改革。

被編入旗的降將，不僅對旗主有人身依附關系，甚至日常行動、家居生活也受到八旗各級官員尤其是佐領監控，因此，明末以來飛揚跋扈、擁兵自重、干涉朝政、不聽號令的降將，就像離淵之龍，再也飛揚不起來了。

其次，以駐防八旗監視綠營。

有清一代八旗總數20萬左右，半數集中京城，拱衛首都，半數駐防全國90余處，除鎮壓各族人民反抗外，也負責監視綠營。

江寧、杭州、西安、京口是順治朝最早的四個駐防點，均由八旗駐防和綠營共同駐守。如駐守江寧內院大學士洪承疇只能調遣綠營官兵。

順治十五年，清廷議設福建駐防，認為「不設滿兵駐防，止諉之漢軍及綠旗官兵，恐軍威不壯」。「漢軍及綠旗官兵未可盡恃」，這是全體滿族貴族的共識。

康熙帝也曾明示：「凡地方有綠旗兵丁處，不可無滿兵。滿兵縱至缺糧，艱難困迫，至死斷無二心。若綠旗兵丁，至糧絕時少或窘迫，即至怨憤作亂。」

三藩平定之后，作戰序列「綠營當先，漢軍次之，蒙古又次之，滿洲居殿」已為定例。地方巡查、緝盜治安等均由綠營承擔，八旗駐防不預其事，著力保持武力。

再次，以漢軍旗人任各地督撫。

清初，各地督撫多由漢軍旗人擔任，綠營精兵悍將云集督撫標下，也寓控馭之意。

西北著名漢軍督撫孟喬芳，標下有一批能征善戰的將領，如張勇、馬寧、趙光瑞、任珍、陳德、狄應魁、劉友元、沈應時、趙良棟等，尤其是興安總兵任珍「其材智勇敢洵有大過人者」，深得孟喬芳賞識，后被清廷除去。

世祖曾說：「當今良將如張勇者甚少」。張勇原為副將，西北、西南作戰屢建奇勛，平定三藩尤其突出，與趙良棟、王進寶同入《國史列傳》，為西北著名三漢將。

高宗也承認「張勇、趙良棟、王進寶諸人將才武略，獨出冠時」。

而洪承疇麾下更有胡茂禎、孫喜策、卜世龍、劉進忠、張鵬程等，招撫江南時已為驅策效命，經略西南后再赴鞍前馬后，洪本人后來亦躋身漢軍之列。

結果，清廷既補充了滿洲軍隊不足，又最大限度發揮、利用了原明軍隊的戰斗力，卻避免了原明官兵不聽號令、臨難逃脫等弊病。

故遺民張岱深有感觸：「數十萬驕悍之兵，俱變為韃靼。」

魏源也說：

「世祖之定鼎也，東南反側未靖，故命大學士洪承疇經略五省，而定南王孔有德徇廣西，尚可喜、耿仲明徇廣東，吳三桂徇四川、徇云南，皆以明故臣領所部綠旗兵，外借其招徠，內以佐禁旅之不逮。」

清朝奪取全國統治權的道路崎嶇坎坷，若無綠營將士前赴后繼，浴血奮戰，僅以區區20萬八旗兵，欲征服廣大中原地區，并穩固統治，完全是一種奢想。

3、滿清統御明朝「降兵」的代價

但是，代價不是沒有。綠營酬功制度，「較之八旗功牌，殊為屈抑」，連滿洲貴族也認為武弁不肯用命原因在此。

清朝既以「首崇滿洲」為基本國策，八旗待遇優于綠營是自然的。