這也導致長公子扶蘇對其父秦始皇在治理國政方面頗有微詞，以至于父子兩人無法融洽相處，這也為扶蘇被貶上郡埋下了伏筆。后來在一些行政事務上，扶蘇果然提出了與秦始皇相左的意見，尤其是在“坑方術之士”一事上，滿朝文武都沒有發聲，扶蘇卻公然直言勸諫。

“盧生等吾尊賜之甚厚，今乃誹謗我，以重吾不德也。乃自除犯禁者四百六十余人，皆阬之咸陽，以懲后。長子扶蘇諫，始皇怒，使扶蘇北監蒙恬于上郡。”《史記》

扶蘇作為秦始皇最為看重的兒子，居然公然反對其父已經做出的決定，而且秦始皇的這個處理決定也并沒有錯。畢竟秦始皇給予盧生、侯生等方術之士優厚的待遇，但他們因沒有做好工作，甚至都沒有一點進展，于是害怕問責逃離了秦都咸陽。

作為逃跑的罪臣，盧生等方士本就應該就到懲處，而他們不僅因工作未完成跑了，還出言誹謗，迷惑百姓，說秦始皇的壞話。為此秦始皇就懲罰了這些人，并昭告天下，以儆效尤，這本身就很合理。

公子扶蘇雖然是為江山社稷安危著想而勸諫，但卻有些不合時宜。

扶蘇直言勸諫之舉也導致其父大怒，于是秦始皇一怒之下就將大兒子派到了北方邊境的上郡，去做大將蒙恬和三十萬大軍的監軍。從表面上來看，秦始皇是因為扶蘇直言勸諫而發怒，才將他趕去了上郡做監軍，但實際上秦始皇卻是另有深意。

畢竟兵權在古代的重要性不言而喻，可以說是維護統治最為關鍵，也是最為直接的核心力量所在。既然秦始皇讓扶蘇去做北方三十萬精銳大軍的監軍，給予他如此重要的兵權，也能看出秦始皇并沒有放棄公子扶蘇，顯然是另有目的。

在秦始皇看來，大兒子扶蘇已經被儒家學派的大學者淳于越教導的太過迂腐仁慈，甚至是愚善，直言勸諫坑殺方士一事便是最好的例子。于是秦始皇就將扶蘇派遣到了上郡進行學習歷練，同大將蒙恬一起守衛北疆。

至于秦始皇為什麼要讓扶蘇去北方上郡，而不是南方百越？原因或許也是為了扶蘇的安全的著想，畢竟蒙氏兄弟是秦始皇最為寵信的大臣，此舉也是想讓蒙恬教導扶蘇，讓他明白戰爭的可怕，以及改變兒子的思想觀念，及時做出補救，不要太過仁慈和愚善，讓兒子從內心領悟到自己的深意。

沙丘之變，公子扶蘇遇害經過

在公子扶蘇擔任監軍兩年后，其父秦始皇在公元前210年的最后一次巡游途中，因染病且不斷加重而離開了人世。不過秦始皇在臨終之前，曾專門給扶蘇留下了一道遺詔：“以兵屬蒙恬，與喪會咸陽而葬。”。

這道遺詔雖然僅僅只有十余字，但卻可以看出秦始皇并沒有放棄這個兒子，以及對扶蘇的重視。作為長子，可以說扶蘇與生俱來就擁有第一順位繼承的天然優勢，而秦始皇又單獨給扶蘇留下遺詔，讓他趕回秦都咸陽來主持自己的喪事，所表達的意思不言而喻，從這點也能相互印證秦始皇之前將扶蘇派往上郡的期望和深意。

但是秦始皇身邊的近侍趙高一直深得秦始皇少公子胡亥的寵信，加上趙高又與輔佐長公子扶蘇的蒙氏兄弟有嫌隙，故而不想讓扶蘇繼承帝位。 與蒙氏兄弟之間的仇怨是因為趙高之前曾犯過重罪，于是秦始皇就將趙高交給蒙恬的弟弟蒙毅依法處置，而蒙毅則依法剝奪了趙高的官爵，并判處極刑。

“高有大罪，秦王令蒙毅法治之。當高罪死，除其宦籍。高雅得幸于胡亥，欲立之，又怨蒙毅法治之而不為己也。